Sousei no Aquarion nos traslada a un lejano futuro en el que la humanidad debe enfrentarse de nuevo a los Ángeles Oscuros, unas criaturas místicas que han regresado tras despertar de su letargo de doce mil años. Con el fin de recolectar energía vital, conocida como Plana, atacan ciudades y secuestran a sus habitantes. Para combatirlos, se reúne a una serie de jóvenes de todo el globo para entrenarlos con el móvil de que aprendan a pilotar los Vectores, tres naves legendarias que, al unirse, forman el arma definitiva de la humanidad: el Aquarion.