12,000 años tras los eventos de Sousei no Aquarion, los humanos se han instalado en la estrella Vega bajo la constante amenaza de unos seres llamados Abductores. Estos enemigos, que provienen de la estrella hermana de Vega, Altair, asolan el planeta humano y destruyen la vida que en él se asienta. Para luchar contra ellos, la humanidad ha creado una organización llamada Neo-DEAVA, conformada por Elementos, personas con algún tipo de poder especial. Subidos a los Aquaria, unos avanzados robots de combate, pelean en harmonía uniendo sus almas. La unión de almas entre sexos opuestos está terminantemente prohibida, pero tras el ataque de un abductor avanzado Amata y Mikono realizan la unión prohibida y desatan un poder sin parangón. Las consecuencias de este acto cambiarán por siempre la vida de estos dos jóvenes.