Train Heartnet es conocido como Black Cat por su rapidez de movimientos. Pertenece a una sociedad secreta llamada Chronos en la que es el Número Trece, un maestro con las armas y un frío e insensible asesino. Un día conoce a Saya, una cazarrecompensas que le enseña el valor de la vida humana y el arrepentimiento por toda la destrucción que provoca. Train abandonará la organización, aprenderá a amar y a cuidar de otras personas y comenzará un trepidante viaje junto a Saya, su compañero Sven y la misteriosa Eve.