Boku wa Tomodachi ga Suknai comienza en una escuela católica (Santa Crónica), en la que el joven protagonista llamado Kodaka Hasegawa apenas lleva un mes. Debido a su apariencia y color de pelo, todo el mundo le ve como un delincuente así que no ha hecho amigos. Posteriormente se encuentra en clase a Yozora (una joven lista y guapa, pero poco sociable) que estaba hablando sola, y ella confiesa que hablaba con su amiga imaginaria. El joven le da la idea de hacer un club para hacer amigos, y crea el Club de los vecinos. Más tarde se unirán varios miembros al club (5 chicas) que son Sena Kashiwazaki (la joven más admirada de la escuela), Kobato (la hermana pequeña del protagonista), Kusunoki Yukimura que es un hombre con apariencia de mujer; Maria Takayama, una monja de 10 años a la que Yozora convierte en administradora del club; y por último Rika Shiguma, una genio pervertida.