La Tierra murió hace miles de años, pero un relojero legendario conocido como "Y" la reconstruyó con su trabajo de relojería. Naoto Miura es un estudiante de preparatoria acostumbrado al fracaso que se encuentra con RyuZU, una autómata creada por "Y"; y con Marie, una genio de la relojería. Cuando las habilidades de los tres se reúnen, ponen en marcha los engranajes del destino. El ciclo de éxito y fracaso se repite una y otra vez mientras los tres intentan reparar el "Clockwork Planet", que está en peligro.