Dr. Stone cuenta la historia de dos adolescentes, Senku y Taiju; Senku se caracteriza por ser sumamente inteligente además de pertenecer al club de química de su escuela mientras que Taiju, no es demasiado inteligente como él, pero lo compensa con su gran fuerza física y que está enamorado de una linda estudiante de nombre Yuzuriha, de la que pretende confesarse. Cuando está por declarar su amor a su compañera de clases, una luz enceguecedora de origen desconocido provoca que los seres humanos sin excepciones y las aves se conviertan en piedra. Como consecuencia, la sociedad tal como la conocemos y la civilización se desmorona. Pasan miles de años y Taiju finalmente logra liberarse de la petrificación gracias a su amigo Senku el cual pudo liberarse medio año antes y gracias a eso, ahora sabe que están en el 5 de Octubre del año 5738, 3700 años después de la petrificación de la raza humana.