Senkuu se ha propuesto como objetivo recuperar dos millones de años de logros humanos y revivir a la totalidad de los que se convirtieron en estatuas. Sin embargo, un hombre se interpone en su camino: Tsukasa Shishiou, quien cree que solo los más aptos de los petrificados deben ser revividos.Al reunirse con viejos amigos y obtener nuevos aliados, Senkuu y el Reino de la Ciencia deben detener las fuerzas de Tsukasa para cumplir su objetivo de restaurar la humanidad y todas sus creaciones. Con los dos bandos cada uno en busca de su mundo ideal la !Stone Wars a comenzado!.