En 1999 un cataclismo ocurre en la Antártida llamado "El Segundo Impacto" como resultado de un incidente ocasionado por unos seres conocidos como "Ángeles". Gran parte de la Tierra quedó devastada por el fenómeno, aunque gradualmente se va recuperando. Años después, los "Ángeles" regresan y comienzan a atacar a la Tierra. La organización NERV revela su nuevo proyecto con miras a salvar el mundo: gigantes y bio-mecánicos robots conocidos como Evas que son unos de las pocas fuerzas sobre la Tierra capaces de enfrentar a los "Ángeles". Sólo niños especóficos pueden pilotar los Evas: Shinji Ikari, el hijo de el jefe de NERV y quien no desea pelear, la reservada Rei Ayanami, mientras combaten a los "Ángeles" uno a uno, van descubriendo más y más acerca de la naturaleza y el futuro de la humanidad.