La serie comienza tras el robo del Santo Grial de Ciudad Fuyuki después de la Tercera Guerra, y se centra en dos facciones, Rojo y Negro, cada una invocando 7 Servants y el propio Santo Grial invocando a un Servant de la clase Ruler, una clase especial que sirve como mediador durante la guerra. Los miembros de la facción roja son enviados por la Asociación de Magos de la Torre del Reloj, mientras que los miembros de la facción negra pertenecen a una organización románica llamada Yggdramillennia.