La historia de Fate / Prototype tiene lugar ocho años después del trágico Heaven Feel. En ese entonces, el Santo Grial sigue siendo un objeto deseado. Sin embargo, la oscuridad, bajo este llamado “Grial” se revela mientras que siguen luchando unos contra otros con el fin de obtenerlo. Ayaka Sajo es la última miembro de su familia, y trata de vivir su vida con normalidad y sin ninguna relación con el pasado o con la guerra actual. Sin embargo, su destino estaba sellado desde que su hermana mayor Manaka Sajo, fue asesinada durante la guerra.