La historia tiene lugar en Edo (ahora conocida como Tokio), que ha sido conquistada por unos extraños seres extraterrestres llamados «Amanto» (天人, lit. «Gente del cielo»)». En su momento, los samuráis de entonces lucharon contra los invasores, pero después que los Amanto los hubieran derrotado prohibieron a todas las personas de la ciudad portar espadas. La obra se centra en las aventuras de un samurái conocido como Gintoki Sakata quien ayuda a un adolescente llamado Shinpachi Shimura a salvar a su hermana de un grupo de alienígenas que querían hacerla parte de un burdel. Impresionado con Gintoki, Shinpachi decide convertirse en su aprendiz y trabajar con él como un profesional independiente a fin de poder pagar la renta mensual del alquiler de Gintoki.