La historia de Guilty Crown empieza en el 2029 cuando el "Virus Apocalipsis" se extiende, y hunde a Japón en un estado de caos, período al que se le conoce como "Lost Christmas". Una organización internacional conocida como CG (Cuartel General) interviene aplicando la ley marcial y restaura el orden a Japón a costa de su independencia. Diez años después en 2039, Shu Ouma un joven de instituto de 17 años, conoce a Inori Yuzuriha, la vocalista de Egoist, mientras visitaba uno de sus sitios favoritos de camino a casa. Shu es un gran fan de Inori, una cantante quien ha tomado el mundo de internet por asalto. Sin embargo, él también descubre el otro lado de ella. También es miembro de los "Undertakers", un grupo de resistencia cuyo objetivo es liberar a Japón.