Hanasaku Iroha se centra en Ohana Matsumae, una adolescente muy alegre de 16 años que vive en Tokio. Su madre se ve obligada a huir con su novio debido a unas deudas, y ella deja a Ohana al cuidado de su madre, con quien no se habla. Ohana llega al pueblo de su abuela y descubre que ella es la propietaria de una pensión de baños termales de la era Taishō llamada "Kissuisō".