Hitsugi no Chaika comienza 5 años después del final de una guerra de 200 años entre la Alianza de las Seis Naciones y el imperio Gaz. Esta finalizó cuando el emperador Arthur Gaz es asesinado por 8 guerreros, llamados Los Ocho Héroes. Tras la guerra el imperio se dividió por la alianza formada por el Consejo de las Seis Naciones para traer la paz. La historia se centra en Toru Acura, un ex-saboteador que no se ha podido acostumbrar a la era pacífica, y que vive con su hermana (adoptiva) Akari Acura. Un día se encuentran con Chaika Trabant, que es una joven de pelo blanco con poderes mágicos, que carga con un rifle mágico y un ataúd. Toru salva a Chaika de un unicornio que intentaba matarles, y al ver Chaika las habilidades de los hermanos Acura, decide contratarles para un trabajo: robar los restos que tienen Los Ocho Héroes de su padre, Arthur Gaz. Según les indica, ella es la hija del emperador y desea dar un entierro apropiado a su padre.