La historia tiene lugar en una versión alternativa de Japón llamada Great Japan, donde el shogunato Tokugawa se mantuvo activo y se ha mantenido aislado del resto del mundo. Siguiendo la vida de Muneakira Yagyu, un joven que asiste a la Buou Academy, la cual es una academia gigante situada en la base del Monte Fuji, donde las personas entrenan para ser guerreros samurai. Su vida da un repentino giro cuando conoce a Jubei Yagyu, una misteriosa chica que cayó del cielo desnuda que más tarde se convierte en su primera “Maestro Samurai” después de besarla.