InuNeko (para acortar) trata sobre dos chicas, Nekoyama Suzu e Inugami Yachiyo, que se acaban de conocer en el instituto. Nekoyama es una chica tímida y tsundere a la que -a pesar de su nombre- le gustan los perros, e Inugami es una chica súper masoquista y amigable a la que -a pesar de su nombre- le gustan los gatos. Junto a las dos se encuentra su amiga Aki, que tendrá que lidiar con las situaciones que ambas chicas le harán sufrir.