Yagi Takeru ha vivido en casa de la familia Touma desde que sus padres se fueron. Touma Rokunosuke, el cabeza de familia, fue el que lo crió, rodeado de gente como Yamamoto Takeshi, su mejor amigo y rival del club de kendo, las hermanas Shiratori, Kotono y Asuka, y su amigo de la infancia Oosu Seri. Llevaba una vida feliz hasta que, un día, un terremoto derribó la escuela y todo cambió. Takeru despierta para ver que la escuela ha sido abandonada hace siglos y reducida a ruinas.