La historia de Kannagi empieza cuando Jin Mikuriya, un estudiante de arte, talla una estatua de la madera de una arbol sagrado y, de repente, la estatua cobra vida. Resulta que el arbol estaba poseido por una diosa guardiana, que ahora se ha encarnado en la estatua. La diosa, Nagi, se enfada muchi­simo cuando descubre que su arbol sagrado ha sido cortado debido a reformas urbanasticas y se entristece mucho pensando que ya no podra proteger a la gente de la tierra que guardaba.