Kannazuki no Miko cuenta la historia de Himeko y Chikane, la reencarnación de las sacerdotisas del Sol y la Luna respectivamente. Ambas son alumnas de secundaria en la presitigiosa Academia Ototachibana situada en Mahoroba, Japón. Cuando un mal ancestral se alza nuevamente, las chicas son absorbidas por el destino en el instante que el espíritu de las sacerdotisas que llevaban dentro, despierta para defender el mundo contra los Orochi.