Delta Macross se sitúa en el año 2067, 8 años después de los acontecimientos de la última serie de televisión Macross, Macross Frontier. La historia se centra en Walküre, un equipo de ídolos con talento y pilotos Valkyrie y el Escuadrón Delta, un equipo de pilotos Valkyrie experimentados como en su lucha contra el Síndrome de Var, una entidad misteriosa que está consumiendo la galaxia. Pero ambos deben luchar contra los misteriosos Caballeros aéreas, un grupo de pilotos Valkyrie del Reino de viento.