La historia se desarrolla en el año 2059 donde la humanidad ha prosperado después de enfrentar el inminente peligro de la extinción luego de la mortal "lluvia de la muerte" provocada por la flota de la raza aliení­gena de gigantes conocida como los Zentraedi. La humanidad se ha esparcido finalmente por el espacio abordo de flotas migratorias en busca de nuevos mundos que sean habitables. Una de estas flotas es la numero 25 o mejor conocida como Macross Frontier la cual alberga alrededor de unas 10 millones de personas. Al comienzo de la serie la flota recibirá a la Idol Pop Sheryl Nome quien tendrá un concierto en dicha colonia. Los protagonistas de la historia son Alto Saotome, un joven estudiante y que se gana la vida haciendo trabajos de medio tiempo (uno de estos trabajos era precisamente formar parte del numero del concierto de Sheryl) y Ranka Lee, una chica que trabaja en la cadena de restaurantes Nyan Nyan (cadena de restaurantes propiedad de los de Lynn Minma