La historia se desarrolla en la ciudad de Kamihama. Allí, guiadas por un extraño poder, se reúnen chicas mágicas para combatir entre ellas y hacerse con un nuevo poder extraído de las brujas. Iroha Tamaki llega a la ciudad y se une al resto de chicas con el objetivo de buscar a su hermana menor Ui, quien ha desaparecido. No tarda mucho en aparecer Homura Akemi, quien aspira a comprender el misterio que oculta la ciudad para así poder salvar a Kaname. Iroha Tamaki es una joven cuya hermana menor sufre de cierta enfermedad y su deseo a cumplir como chica mágica es salvarla. Madoka Kaname llega buscando a su amiga Homura, quien está desaparecida.