Mai Otome Zwei (舞-乙HiME Zwei) acontence un año después de los eventos de la serie Mai Otome. La protagonista,  Arika Yumemiya, ya es Meister Otome del reino de Wind Bloom. La Negociación de Limitación Estratégica Otome  (S.O.L.T. en inglés), llevada a cabo por varios países para limitar el número de otomes en el mundo, se verá interrumpida por una misteriosa fuerza hostil que ataca inicialmente a Garderobe y a Wind Bloom, pero que termina  separando a Arika de su ama, la Reina Mashiro, que queda atrapada en el Valle Negro cuando el enemigo aísla la montaña  sagrada del resto del mundo. Sin embargo, es una crisis que eventualmente se extenderá a las demás naciones, poniendo a  prueba al sistema otome, mientras Arika busca la manera de rescatar a Mashiro y Garderobe usa sus medios para  indentificar y vencer a ese misterioso enemigo.