La batalla entre Kurokami Medaka y Unzen Myouri, líder del Comité de Moral Pública, termina con la victoria de Medaka. Sin embargo, esta batalla simplemente enciende el barril de pólvora resultante del misterioso Plan Frasco. Shiranui Hakama, presidente de la Academia Hakoniwa y director del programa Flask Plan, continúa con sus intentos de manipular a Medaka para lograr sus objetivos. En el centro de sus diseños se encuentran los trece estudiantes de la Clase 13.