La historia se sitúa en el año 1945, en la Segunda Guerra Mundial. Fue un año que sería grabado para siempre en la historia humana, pero también fue el año en que otra guerra que no tiene un lugar especial en las páginas de la historia terminó. Los que la conocieron, la llamaron Guerra Concepto. 60 años más tarde, en el año 2005. Después de la muerte de su abuelo, el estudiante de secundaria Mikoto Sayama, vicepresidente del consejo estudiantil de la Academia Taka-Akita, es convocado de repente por la gran corporación IAI. Allí, se le informa de la existencia de la institución UCAT y la profunda implicación de su abuelo con ella y la Guerra Concepto. Su abuelo y la UCAT lucharon contra diez mundos suplentes llamados Engranajes que existían separados a éste. Estos mundos no fueron paralelos, existían en múltiples fases, uno encima del otro como una órbita planetaria. Podrían acercarse, interactuar y afectarse entre sí en un ciclo conjunto, por lo que cuando se descubrió este hecho,