Sky World tiene lugar en el mundo del mismo nombre del MMORPG, Sky World. Un día, miles de jugadores despiertan para encontrarse en dicho mundo. Junichiro Mikimori es uno de esos jugadores que ahora empezó a vivir en el mundo de Sky World. La historia comienza con Junichiro en Altaria Island. Allí, se encuentra con un gremio con puras integrantes femeninas y se hace amigo de dos de sus miembros. Juntos, deciden abandonar Altaria Island y viajar hacia el punto más alto del mundo: Aion Island, con la esperanza de ser capaces de encontrar una manera de volver al mundo real.