La historia nos trae a: Maka Albarn, Soul “Eater” Evans, y Death The Kid, Liz Patty Thompson y Black Star, Tsubaki Nakatsukasa; tres equipos estudiantes de Shibusen (siglas para “Escuela Vocacional para Técnicos y Armas de Shinigami” en japonés) en la ciudad de Death City. Los técnicos junto a su compañero arma tienen que recolectar 99 almas de Kishins, las cuales son almas corrompida por el mal o la locura y que están en la lista de shinigami-sama, y el alma de una bruja. Así, las armas y técnicos pasen a ser de la categoría Death Scythe, que les permite obtener poderes y habilidades nuevos. Además, las armas pueden pasar a ser usadas también por Shinigami-sama. Llegar a alcanzar este título no es fácil y las cosas se pueden complicar al aparecer el Kishin mas poderoso de todos junto con la ayuda de una bruja y sus experimentos con la sangre.