La historia de acción escolar fantástica se desarrolla en un mundo en el que la gente con poderes mágicos está a punto de ser eliminada. Al igual que una vez el equilibrio de poder y militar pasó en su momento de las espadas a la magia, ahora el proceso se está revirtiendo y pasando de la magia a las pistolas. Takeru Kusanagi acude a una “Academia Antimagia”, unas instalaciones de entrenamiento donde los Inquisidores de Herejes practican para acabar con la amenaza que suponen los usuarios de magia. Sin embargo, Takeru no puede usar armas de fuego y lucha con una espada. Como resultado, es relegado al Escuadrón de Prueba número 35, un escuadrón sin importancia para estudiantes pobres. Un día, Oka Otori, una maestra de las armas que ya tiene el título de cazadora de brujas, se une al escuadrón.