Continua la historia de Touma y compañía, con la aparición de nuevos personajes, verdades que salen a la luz y muchas más batallas por venir. Situado en una ciudad avanzada científicamente con estudiantes sobrehumanos, pero en un mundo donde la magia es real. Touma Kamijō, es un estudiante con una terrible mala suerte, posee en su mano derecha un poder llamado Imagine Breaker que puede negar toda clase de magia y habilidades sobrenaturales, incluyendo los milagros de Dios (lo que también anula su buena suerte). Un día encuentra a una joven colgando de su balcón llamada Index. Ella resulta ser una monja de la Iglesia de Inglaterra, que tiene implantado en su mente el Index Librorum Prohibitorum, que es una recopilación de todos los textos mágicos que la Iglesia ha eliminado de circulación.