Tonari no Kaibutsu-kun comienza con una joven estudiante llamada Mizutani Shizuku, que siempre está centrada en sus estudios y a la que no le importa nada más. El primer día de clase comienza normalmente salvo porque un extraño estudiante llamado Yoshida Haru que se sienta detrás de Shizuku. No ha asistido a clase por una pelea ocurrida justo el primer día, y desde entonces no ha vuelto. La profesora manda a Shizuku a llevarle los apuntes, momento en el cual Haru decide que ella será su amiga. Ella intenta ignorarlo pero se volverá tarea imposible, y comenzarán a estrechar lazos entre ellos.