Wotakoi nos muestra las desventuras de una singular pareja de frikis que intentan integrarse a la vida adulta sin dejar de lado sus pasiones. Por un lado tenemos a Narumi Momose, una chica oficinista que a primera vista parece linda, encantadora y un poco torpe, pero que lleva una vida oculta como Fujoshi (mujer otaku aficionada a mangas, juegos y animación de género Yaoi). Teme ser descubierta por su familia, compañeros de trabajo y por sobretodo sus parejas, con las que ha tenido terribles decepciones cuando se enteran de su verdadero ser. Por otro lado tenemos a Hirotaka Nifuji, un otaku gamer obsesivo al que le importa muy poco ser descubierto ya que está seguro que nada afectará su tranquila y ociosa vida.