La historia nos sitúa en el año 300 de la Era Divina en la que chicas como Yuuki Yuna asisten a la escuela como siempre. Sin embargo, en este ambiente tan cotidiano, donde las amistades y las actividades extraescolares siguen siendo de lo más corriente, existe un club bastante peculiar: el club de los héroes, un lugar en el que Yuna se enfrentará a los misterios del mundo, incluida una extraña entidad conocida como “Vertex”.