Ha pasado un año tras el fracaso de la Rebelión Negra encabezada por Zero, y el Área 11 ha sido degradada por el Emperador de Britannia a la categoría de Área de Remediación. Esto ha resultado en la aplicación de sentencias más severas de parte del Imperio y el inicio de una profunda represión a los Caballeros Negros, arrestando a varios de sus miembros y finalizando sus operaciones. El Imperio también sufre graves tensiones con dos de las grandes superpotencias mundiales: U.E., contra quien ha luchado una larga guerra, y la Federación China, que a su vez trata de conquistar el Área 11 sin luchar una guerra. Al mismo tiempo, Lelouch, que parece haber olvidado su rebelde pasado como Zero, lleva una vida normal como estudiante hasta el día en que se ve envuelto en un altercado y se reencuentra con la misteriosa C.C., quien le revela su propósito olvidado. Destruyendo a sus enemigos y declarándose como Zero una vez más, Lelouch se dispone a terminar lo que e