Air (en honor a la sinfonía homónima de Sebastian Bach) comienza inmediatamente después de los eventos del episodio 24. Habiendo sido dejado solo por Misato ante el lago de un devastado Tokio-3, Shinji Ikari se culpa por la muerte de Kaworu. El muchacho visita a Asuka en la habitación del hospital y trata de hablar con ella, pero Asuka permanece en coma, y Shinji comenzando a llorar y suplicando que lo ayude, la sacude, descubriendo sus pechos. Viendo esto, Shinji se masturba, sintiéndose luego asqueado de sí mismo.(sinopsis por teamkurosaki)