Después de que la población y la economía mundial fuesen devastadas por varios hiper-huracanes simultáneos, nuevas facciones y naciones han aparecido por el mundo. Tras la reconstrucción, la población japonesa ha sido dividida en 2 clases, la clase Élite, a cuyos miembros se conoce como "Logos", que controlan las zonas más ricas y desarrolladas, además de llevar un cruel control de los "Levinas", la clase baja, clase que lucha día a día por su supervivencia. Jō y Jin han escapado de "Phantom", un grupo militar creado por los Logos que controla a los Levinas, llevando a una niña llamada Sana con ellos. La serie les sigue en su camino por evitar ser capturados por las fuerzas miltares de los Logos como Phantom.