Kokuto Mikiya, el co-protagonista de nuestra historia es un estudiante de preparatoria normal. Poco a poco se va interesando por una extraña y muy poco social chica de su clase llamada Shiki. Al mismo tiempo, en su ciudad empiezan unos extraños asesinatos en serie que traen de cabeza la policía. Kokuto no tarda en descubrir que Shiki esta extrañamente conectada con el caso. Además también descubre una característica de Shiki (y su familia), tiene un tipo de doble personalidad, una femenina (Shiki) y una masculina (SHIKI).