Kodomo no Jikan narra las desventuras de un profesor llamado Daisuke Aoki, que ingresa en una escuela como tutor. En su clase conocerá a Rin Kokonoe, una niña de 8 años que sentirá una "atracción" hacia él, algo que le puede causar problemas a Daisuke y que le podría hacer perder su empleo y su reputación.