La historia sigue a Ittoki Sakuraba, un chico común y corriente que de repente se entera de que es el heredero de un largo linaje de ninjas tras sobrevivir a un ataque del clan rival Koga. Para sobrevivir, Ittoki aprende a convertirse en un ninja del clan Iga y se une al conflicto entre los clanes Iga y Kouga.