Basado en la historia publicada en Magazine's desde Marzo de 1999, Sister Princess tuvo secuelas como anime y juego de Playstation. La historia enfoca a 12 pequeñas hermanas (Karen, Sakuya, Hinako, Marie, Chikage, Yotsuba, Haruka, Rinrin, Mamoru, Aria, Kaho y Shirayuki) que no pueden dejar de amar a su hermano mayor a su manera. En la versión de anime, el nombre del hermano es Minakami Wataru. Wataru es un estudiante destacado en el instituto que falla en su examen de acceso a la universidad. Sin embargo, es admitido en la Universidad de Star Gazers Hill por recomendación. La universidad está en una isla, Promise Island. De camino, en el barco, se encuentra con dos extrañas personas: Yamada Tataru y Mami. Cuando se baja del barco, se cae al mar y es salvado por Karen, una de sus hermanas. A partir de ahí la historia comienza...