La Ciudad Académica, una ciudad oculta en Tokio con una población 2.3 millones donde 1.8 millones son estudiantes, la ciudad está llena de robots, maquinas de alta tecnología y fuertes medidas de seguridad. Esto es porque la ciudad en sí es un gigantesco laboratorio que somete a sus estudiantes a experimentos para desarrollar poderes paranormales, según sus poderes se califican de nivel 0 a 5. Mikoto Misaka "Railgun" es una de los 7 nivel 5 de la ciudad y junto con Shirai Kuroko pasan sus días haciendo cosas normales de adolescentes y peleando contra delincuentes que abusan de sus poderes para cometer crímenes.