En la historia de la película, justo antes de la terminación del elevador al espacio “Endymion” de Ciudad Academia, los personajes principales Kamijou y Index encuentran una muchacha nivel 0 llamada Arisa. Los Magos estan detras de Arisa, y ellos atacan a Ciudad Academia. La lider llamada Shattoaura dirige a una unidad de Ciudad Academia contra el ataque. Kamijou e Index aprenden de Stiyl que Arisa es clave en la amenaza de una guerra entre los lados de la Magia y la Ciencia.