Mithril, es una organización militar que de forma secreta velan por resguardar la seguridad mundial contra el terrorismo causado por potencias mundiales, específicamente contra la aún existente URSS y su KGB. Sousuke Sagara, joven sargento de Mithril, se le ha encargado junto a sus compañeros Melissa Mao y Kurz Weber, la misión de resguardar la seguridad de una joven estudiante japonesa, Kaname Chidori, la razón de su protección, la cual ella ignora por completo, es que es una de las llamadas Whispered, personas con gran conocimiento de tecnología y que la asimilan rápidamente, lo cual los vuelve blanco de los grupos terroristas. Lo que parece una fácil misión, para Sousuke, se convierte en un gran desafìo, ya que deberá asistir al mismo instituto que Kaname, comportarse como cualquier estudiante normal, y dejar su militarizada vida a un lado, o al menos intentar hacerlo.