Nazo no Kanojo narra la relación existente entre dos estudiantes de instituto, Mikoto Urabe y Akira Tsubaki. Mikoto Urabe, parte de llevar el pelo cubriéndole el rostro, nadie diría que Urabe es una persona fuera de lo normal, pero Akira bajo ciertas circunstancias descubre el error del razonamiento. Urabe siempre se dormía durante el recreo de clases, una tarde después de que todos sus compañeros se fueran a casa, ella estaba dormida y dejó en su escritorio un poco de saliva, luego llegó Tsubaki y la despertó, vio por primera vez su rostro puesto que éste literalmente estaba cubierto por su cabello. Al retirarse Urabe, Tsubaki notó la saliva sobre el escritorio y decidió probarla, lo que al paso de los días le provocó síntomas parecidos a los de un resfriado.