La historia comienza con Yggdrasil, un juego en línea popular que se cerró en silencio un día, Sin embargo, el protagonista Momonga decide no salir. Se transforma en la imagen de un esqueleto como «el mago más poderoso.» El mundo sigue cambiando, con personajes no jugadores (NPC) que empiezan a sentir emociones. Al no tener padres, amigos o lugar en la sociedad, él se esfuerza por hacerse cargo del nuevo mundo en el juego.