Ayato Kamina se separó de la mujer que amaba, Haruka Mishima, cuando se produjo un evento que ha matado a todos fuera de Tokio. Pero un día, tres años después, unos invasores atacaron de repente la ciudad. Fue entonces cuando se encuentra con un agente de TERRA, Haruka Shitow, quién le dice que ella le dirá la verdad sobre el mundo en el que está viviendo.